Đường thủy nội địa rộng lớn của quốc gia có ý nghĩa lịch sử quan trọng trong thương mại nội địa. Sông Mê Kông và sông Tonlé Sap, nhiều nhánh của chúng và sông Tonlé Sap cung cấp các thủy lộ có chiều dài đáng kể, bao gồm 3.700 km có thể đi lại trên sông trong cả năm bằng tàu kéo 0,6 mét và có thể đi lại được 282 km cho tàu kéo 1,8 mét. Ở một số khu vực, đặc biệt là phía tây sông Mê Kông và phía bắc sông Tonlé Sap, các ngôi làng hoàn toàn phụ thuộc vào đường thủy để liên lạc. Các loại xuồng, thuyền buồm hoặc xà lan vận chuyển hành khách, gạo và thực phẩm khác trong trường hợp thiếu đường bộ và đường sắt.

Theo Bộ Truyền thông, Giao thông vận tải và Bưu chính, các dịch vụ phà chính của Campuchia qua sông Bassac và giữa sông Mê Kông tại Dịch vụ phà Neak Leung, Dịch vụ phà Tonle Bet, Dịch vụ phà Sre Ambel, Dịch vụ phà Kampong Cham và Dịch vụ phà Stoeng Treng đều được khôi phục vào năm 1985. Các tuyến đường chính của sông Mê Kông cũng được nạo vét để lưu thông dễ dàng hơn. Ngoài ra dịch vụ thủy phi cơ cho tất cả các tuyến đường thủy và hải đảo hiện được cung cấp bởi Hãng hàng không Aero Cambodia Airline.